Cikal bakal BPK PENABUR Cirebon dimulai dari berdirinya Hoolansch Chinesche  Zending School (HCZS)yang dibuka pada bulan Oktober 1927 oleh Central Commisie  dengan  L. Bergsma sebagai ketuanya. Pada saat itu HCZS dengan kepala sekolahnya Davidsche danberlokasi di Villa Narmada  atau dikenal  gedung bioskop  Paradise di Jalan Pulasaren Cirebon.  Dan sejak tahun 1930 HCZS pindah ke jalan Kromong No. 1 Cirebon yang sekarang di kenal dengan nama SDK PENABUR Cirebon dengan kepala sekolah yang pernah menjabat saat itu adalah J.V.D Bol, Van der Waarderberg Van Popta, dan Van Waardenberg. Semuanya berkebangsaan Belanda. Warga Indonesia pertama yang menjadi guru di sekolah ini adalah Liem Boen Liong pada tahun 1929.

Pada tahun 1942 bersamaan dengan masuknya Jepang ke Indonesia HCZS ditutup dan baru di buka kembali pada tahuj 1948 setelah Indonesia merdeka. Pada saat itu Bapak Khouw Giok Soey (Dicky) merintis dibukanya kembali HCZS dengan nama Sekolah Rakyat Kristen (SRK) di tempat yang sama. Dan Pak Dicky adalah adalah orang Indonesia pertama yang menjabat sebagai kepala sekolah SRK yang kemudian digantikan oleh Bapak Liem Boen Lion.            

Pada tahun 1950 Bapak Liem Lion menjadi salah satu pengurus Badan Pendidikan Tiong Hoa Kie Tok Kauw Hwee Khu Hwee Djawa Barat (selanjutnya disingkat BP THKTKHKH Jabar) didirikan dan menjadi lembaga yang terpisah dari gereja. Ketika pendirian tahun 1950 ini, aset-aset yang dimiliki oleh BP THKTKHKH Djabar tersebar di enam kota yakni di Jakarta (5 kompleks), Bandung (3 kompleks, di mana 2 kompleks dimiliki bersama dengan sinode Gereja Kristen Pasundan), Cirebon, Sukabumi, Jatibarang dan Indramayu. Dengankantor pusat dari BP THKTKHKH Djabar ini berkedudukan di Bandung. THKTKHKH Djawa Barat adalah cikal bakal BPK PENABUR yang sekarang ini.

SRKpagi semasa Liem Boen Lion disambut baik masyarakat, terlihaat antusiasnya masyarakat bersekolah di SRK pagi, maka pada pada tahun 1954 dibukalah Sekolah Rakyat Kristen (SRK) Petang. Seiring perkembangan SRK tahun yang 1960 di lokasi berdiri SRK dibangunlah Taman Kanak-kanak Kristen  dengan kepala sekolah Ibu Yenny Oey.  Dan pada tahun 1973 TKK ini dipindah ke jalan Merdeka No. 22 Cirebon dengan kepala sekolah Ibu Linawati D.

Karena perkembangan SRK yang sangat baik pula maka siswa SRK dimungkinkan ikut ujian Negara. Dan untuk menampung siswa lulusan SRK, maka pada tahun 1951 atas prakarsa Bapak Ong  Eng Lan dibukalah Sekolah Menengah Kristen  (SMPK)  berlokasi di SRK  pada siang hari dengan kepala sekolah di rangkap oleh oleh Bapak Liem Boen Liong. Dan pada tahun 1958 SMPK pindah ke Jl. Dr Ciptomangunkusuma No. 24 Cirebon. SMPK ini berkembang pesat maka dibuka SMPK 2 Petang  pada tanggal 1 Feb 1969 dengan kepala sekolah Bapak Harjowiyono sedangkan kepala sekolah SMPK 1  adalah  Bapak Halim Tanuatmaja. Pada tanggal20 Desember 1979,  SDK dan TKK Jamblang  bergabung di KPS Cirebon dengan kepala sekolah SDK Jamblang adalah Yohanna Yoenoes dan kepala sekolah TKK Jamblang adalah Sarah Yoenoes.

Sedangkan untuk tingkat SMA dibangunlah Sekolah Menengah Atas Kristen (SMAK) dengan kepala sekolah Ibu Tan Keng Way dan pada tanggal 01 Juli 1979 dan S.P Napitulu menjadi SMAK dengan kepala sekolahnya.Dan menyusul kemudian dibangun Sekolah Teknik Menengah Kristen (STMK) dengan kepala sekolah Bpk I Gede Ramia Triguna yang dirikan pada tanggal 01 Juni 1985.

Kemajuan tidak berhenti disini saja, dengan pertimbangan untuk kemajuan BPK PENABUR Cirebon akan  kebutuhan sekolah bilingual maka sejak tahun 2005 TKK Plus dibangunlah TKK Plus dan SDK Plus dengan kepala sekolah Hermin Prasetyaningtyas Dyah Susanti. Menyusul  pada tahun 2012 BPK PENABUR Cirebon membangun SMPK Plus dengan kepala sekolah Metalia dan pada tahun 2015 SMAK Plus yang berlokasi di Kompleks Jl. Pemuda No. 61

Ditengah perkembangan dunia pendidikan saat ini BPK PENABUR Cirebon selalu berusaha memberikan pendidikan yang berkualiatas dalam prosesnya.  Anak-anak didik yang bersekolah di BPK PENABUR dipersiapkan untuk menjadi lulusan yang siap menghadapai perkembangan dan perubahan jaman. Menjadi generasi BEST yang spiritual dan berkarakter adalah  lulusan siswa-siswa BPK PENABUR. Dan untuk mencetak generasi BEST BPK PENABUR Cirebon selalu meningkatkan kualitas pendidik dan kualitas pembelajaran yang didukung oleh fasilitas-fasilitas sekolah yang berkualitas baik.  Mencetak generasi BEST (Be Tough, Excel Worldwide, Share With Society, Trust in God) adalah tujuan pendidikan BPK PENABUR. Generasi BEST adalah berkarakter tangguh, semangat pantang menyerah dan berspiritualitas dan menghadapi perubahan jaman yang cepat di era 4.0  dan era ke depan .